有效活菌數(shù)是微生物菌肥的核心，因此，菌肥有菌不一定是好肥，必須保證施入土壤中是活性的，才能發(fā)揮菌肥的作用。

大部分菌肥必須保存在低溫（最適溫度4℃～10℃）、陰涼、通風(fēng)、避光處，以免菌種失活，因此菜農(nóng)應(yīng)謹(jǐn)慎選擇菌肥產(chǎn)品及其保存環(huán)境。

有些菌種活性時間有限，因此在購買時超過兩年的生物菌肥要慎重選擇。

一、輸菌肥不宜沖施

固體生物菌肥可撒施、溝施、穴施，也可撒施一部分，剩余部分穴施，不宜沖施，液體生物菌肥可以灌根。

二、避免菌種死亡

微生物菌肥施用過程中應(yīng)避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農(nóng)藥、化肥混合施用，特別是現(xiàn)在很多菜農(nóng)為防治根莖部病害，采用農(nóng)藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，對防治真菌、細(xì)菌都有效，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農(nóng)藥灌根。

三、創(chuàng)造菌種的適繁環(huán)境

菌肥中的菌種只有經(jīng)過大量繁殖，在土壤中形成規(guī)模后才能有效體現(xiàn)出菌肥的功能。為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環(huán)境。

一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此，必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。微生物菌肥中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細(xì)菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。

四、充足有機(jī)肥投入

有機(jī)質(zhì)是微生物的主要能源，有機(jī)質(zhì)分解還能供應(yīng)微生物養(yǎng)分。因此，施用微生物肥料時必須配合施用有機(jī)肥料，所以菜農(nóng)在施用菌肥時應(yīng)與糞肥等有機(jī)肥一起施用，不但可加快有機(jī)肥的腐熟速度，而且能促進(jìn)菌群的形成，提供菌肥的肥效。