微生物肥料能改變土壤耕作層微生物區(qū)系，在作物根系周圍形成優(yōu)勢菌落，從而強烈抑制病原菌繁殖，降低病蟲害發(fā)生次數。 

微生物肥料在對土壤中農藥等有機污染物修復方面的作用是降低病蟲害的防治次數，降低農藥的使用量，從而減少農藥在作物中的殘留量。 微生物肥料對無機污染物的修復機理是微生物肥料進入土壤生態(tài)系統后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害。

微生物肥料功能多樣，能夠充當分解者（秸稈分解、土壤有毒有害物質降解）、轉化者（磷、鉀、鈣、鎂等養(yǎng)分的有效形態(tài)轉化）、生產者（生物固氮、產生各種促生物質）等。